Esta diversidad paisajística está acompañada por ecosistemas frágiles con una abundante flora y fauna, que hoy requieren de un adecuado estudio y protección.

Dentro de su territorio existen cinco tipos distintos de bosques:

El bosque serrano se desarrolla en sierras donde la poca profundidad del suelo determina el crecimiento de especies adaptadas a los sitios donde no abunda el agua. Predominan el tala, el coronilla, la aruera y los canelones, que le dan su característico aspecto de bosque espinoso.

El bosque de quebrada crece encajonado entre dos laderas, en lugares protegidos del viento y con agua y sombra abundantes, donde se desarrolla un microclima húmedo, que favorece el crecimiento de árboles de gran tamaño y de otras especies como los helechos.

El bosque ribereño se ubica en la ribera de ríos y arroyos; constituye una comunidad densa donde las especies se disponen en franjas de acuerdo con su mayor o menor afinidad con el agua. Sarandíes, sauces, curupíes y mataojos de agradable fragancia tienen sus raíces en contacto con el agua. En la franja intermedia están el chal chal, el arrayán y la aruera, mientras que más alejados se encuentran especies por lo general espinosas, como el molle, el coronilla y el tembetarí. También abundan los ceibos y es frecuente la palmera pindó.

La palmera butiá es una especie propia del Uruguay y del sur de Brasil, pero las agrupaciones que forma en nuestro país son únicas por sus dimensiones y por su densidad.

El bosque psamófilo costero se encuentra en la costa de las lagunas y del Atlántico. Su principal característica es su adaptación a las condiciones ambientales extremas: suelos arenosos pobres y fuertes vientos que son los que le dan su clásico aspecto achaparrado. Las especies características de esta formación son: canelón, aruera, molle, coronilla, envira, espina de la cruz y varios tipos de cactus. En franco retroceso debido al desarrollo humano, este tipo de bosque, tiene su mejor y casi único ejemplo en los bosques costeros de la playa El Caracol, en Rocha.

Los matorrales son la formación vegetal donde predominan los arbustos altos y densos. El matorral serrano suele ser la transición entre el bosque serrano y la pradera. Sus especies más abundantes son la espina de la cruz, chirca de monte, espina amarilla, tala gateador, congorosa, sombra de toro y varios tipos de cactáceas. Suele ser quemado para ampliar las áreas de pastoreo. El matorral psamófilo es propio de las lomas y dunas costeras y su composición varía según la zona.

Dentro de las comunidades vegetales donde predominan las hierbas, se destacan las formaciones litófilas: comunidades que habitan sobre rocas, donde no hay suelo. Por ello, las plantas aprovechan las grietas donde se acumula tierra y humedad suficiente para permitir su crecimiento. En estas condiciones ambientales extremas, con escasa disponibilidad de nutrientes y agua, se desarrollan los líquenes. A los líquenes se le asocian algunos cactus, en general de tipo globoso. La mayor amenaza para este tipo de formación es la colecta de cactáceas, consideradas de gran valor ornamental.

Otras comunidades herbáceas son las praderas (asociación de hierbas bajas que predominan en el paisaje uruguayo) y los pajonales, caraguatales, gramales, cultivos y rastrojos.

En los bañados, asociados a una rica vida animal, abundan espadañas, tiriricas, juncos, gramas (un pasto acuático de tallo flotante que constituye, en verano, un excelente forraje para el ganado), camalotes y acordeones de agua. La mayor parte de las plantas acuáticas registradas en Uruguay están representadas en la Reserva.

Aves
Se han registrado más de 300 especies de aves, lo que representa más del 75% del total de todo el territorio uruguayo. El porcentaje se eleva a más del 90% cuando nos referimos a las aves acuáticas. Y, además, la reserva es un lugar muy importante para las especies migratorias que pasan parte del año en Uruguay.

En los palmares viven especies que, aunque no son exclusivas de este ambiente, logran en él una interacción perfecta con los otros elementos biológicos y físicos del ecosistema. Entre ellas se destacan churrinches, distintas especies de carpinteros y golondrinas y el ñandú, que si bien es omnívoro y habita también en otras zonas, manifiesta su preferencia por los frutos de la palmera, contribuyendo a dispersar sus semillas.

Las costas oceánicas tienen también sus especies más características. Se destacan tres tipos de gaviotas: la cocinera, la capucho café y la de cola negra, así como los chorlos y playeros, que son especies migratorias, protegidas internacionalmente para su conservación.

Las lagunas y los bañados albergan otras hermosas especies como el flamenco, el cisne de cuello negro, el ganso blanco y varios tipos de garzas y patos. También abundan en las áreas húmedas las dos especies de cuervillos, llamadas vulgarmente "masaricos" que pueden verse en grandes grupos de hasta 15.000 individuos.

Las praderas de Rocha se ven agraciadas con la presencia del dragón, un ave más abundante antaño y cuya población atraviesa hoy un período crítico debido a la confluencia de factores perjudiciales, entre ellos la caza con fines comerciales, la destrucción de su hábitat y el parasitismo de cría del tordo. Las dos especies de viuditas blancas llaman la atención por su color blanco puro, combinado con algunas pocas plumas negras en la cola y en los bordes de las alas. Una de ellas acompaña al dragón, ya que come los insectos que este levanta al alimentarse del suelo de la pradera. Como retribución, alerta al dragón de la presencia de predadores, de los cuales se percata antes.

En el monte las aves se alimentan de frutos y su plumaje es vistoso. Ejemplo de ello son el cardenal azul, el naranjero, el arañero y el dormilón.

Varias especies de picaflores habitan los montes de la reserva, algunas residentes y otras migradoras, alimentándose del néctar de las flores, ayudados por sus alas que le permiten quedar suspendidos en el aire y aún volar hacia atrás.

Tres especies de martín pescador frecuentan los montes ribereños, posándose sobre las ramas y volando al ras del agua, zambulléndose cuando detectan una presa. Se pueden ver también decenas de aves rapaces, como el caracolero, visitante estival que frecuenta los bañados donde se alimenta exclusivamente de moluscos de agua dulce.

Mamíferos
Más del 60% de las más de 70 especies de mamíferos terrestres que habitan Uruguay puede encontrarse en el departamento de Rocha. Tal variedad se debe a la diversidad de ambientes de la región: praderas, montes, quebradas, dunas y bañados. Es en estos últimos donde habitan aquellas especies más numerosas.

El carpincho y la nutria son los mamíferos más característicos de los humedales del este. Ambos viven cerca de los cursos de agua, en lugares provistos de abundante vegetación, donde encuentran alimento y refugio. Además de ellos, otras 19 especies de roedores habitan la zona.

Entre los carnívoros, el lobito de río tiene hábitos semiacuáticos y se alimenta principalmente de peces, moluscos, crustáceos y aves. Se lo encuentra, escasamente, en los montes que bordean ríos y arroyos donde construye sus cuevas.

El zorro perro o de monte es numeroso y habita fundamentalmente los bosques que rodean las corrientes de agua, aunque también se lo ha visto en praderas, palmares, dunas, pajonales y bañados.

Entre los herbívoros, se destacan dos especies de ciervos. El guazu-birá, que ocupa zonas de densa vegetación a orillas de cursos de agua y el venado de campo, cuya población, que hasta el siglo pasado fue muy abundante en todo el país, ha disminuido dramáticamente debido a la alteración de su hábitat por la agricultura y la ganadería, la competencia por alimento y espacio con el ganado, las enfermedades y la caza. En Rocha sobreviven unos 200 ejemplares en la zona de Los Ajos, protegidos por un estanciero que no permite cazar en su propiedad. Junto con un grupo mayor que sobrevive en Salto (unos 700 ejemplares), es la única población silvestre que resta en el país.

Entre los edentados, en la Reserva se han registrado cuatro especies de armadillos y ocasionalmente también al oso hormiguero chico (el grande está extinguido en Uruguay). De todos los armadillos, el menor, la mulita, es el más frecuente.

La rica fauna de esta región incluye también a los únicos mamíferos que vuelan: los murciélagos. Once especies distintas han sido registradas pero, por sus especiales características, se destaca el vampiro. Se alimenta bebiendo la sangre de aves y de mamíferos, en especial del ganado.

En Rocha habitan además, rebaños de lobos marinos constituidos por dos especies que conviven en armonía: el lobo de dos pelos -también llamado lobo fino- y el lobo marino de un pelo, también denominado lobo ordinario o león marino. La población de lobos marinos del Uruguay es una de las más importantes del mundo, si no la principal. Es en nuestras costas donde sobrevive el único remanente numeroso de los rebaños de lobos de dos pelos, especie que en épocas pasadas ocupó grandes extensiones de la costa sudamericana.


Bosque de Ombúes